Fort Saint Elmo ma bardzo długą historię militarną. Odegrał on kluczową rolę podczas Wielkiego Oblężenia Malty w 1565 roku. Fort wytrzymał wówczas potężne bombardowanie Turków Osmańskich wpadając w ręce wroga po 28 dniach oblężenia. Podczas II wojny światowej podobnie jak cała Malta był on miejscem silnych nalotów powietrznych. W 1941 r. wytrzymał on atak morski przeprowadzony przez Włochów.