Park Narodowy Isalo to kilka rejonów bardzo odmiennych w swym charakterze. Plateau w Isalo to obszar suchy charakteryzujący się unikalnymi formacjami skalnymi. Miliony lat temu, obszar ten zalany był ciepłymi wodami morza śródlądowego, w rezultacie czego zdeponowane zostały tam piaskowiec, łupki skalne i skały wapienne. Przez tysiąclecia, erozja rzeźbiła skały do kształtów, które podziwiamy dziś. Znaleźć można tam wiele skamieniałości pochodzenia morskiego.
Zalesiona część Isalo to miejsce gdzie żyje kilka unikalnych dla Madagaskaru gatunków lemurów takich jak sifaka i rufifrons. Szlaki wędrówki w tym rejonie prowadzą do wodospadów i naturalnych oczek wodnych.
