Ten megalityczny kompleks znajduje się na południowym wybrzeżu Malty. Najstarsza budowla w Mnajdra pochodzi z około 3500 r. p.n.e, tego samym okresu co sąsiednia świątynia Ħaġar Qim. To, co widzimy dziś, jest tylko najlepiej zachowanym fragmentem większego kompleksu. Południowa świątynia w Mnajdra jest najmłodszą częścią z około 2800 p.n.e. Zawiera ona dwie apsydy i została zbudowana tak, aby śledzić można było ruch słońca. Struktura jest położona w zgodzie ze wschodzącym słońcem równonocy na wiosnę i jesienią, a także zgodnie z obydwoma przesileniami (letnim i zimowym). Drzwi, rogi ścian i specjalne bloki skalne wewnątrz pomieszczeń stoją w taki sposób, że w te szczególne dni roku, tylko wąska wiązka światła wpada do świątyni.
Ściany świątyni często nachylone są do wewnątrz, aby zawęzić powierzchnię nad nimi, która pierwotnie pokryta była schodkowym stropem bloków skalnych leżących jeden na drugim. W ścianach zobaczyć można charakterystyczne kamienne płyty z prostokątnym otworem. Wyznaczają one wejście do świętej komnaty. W Mnajdra jest wiele kropkowanych płyt kamiennych. Są to te ważne kamienne bloki o szczególnym usytuowaniu w świątyni. Dekoracja w tamtych czasach była prosta, płytkie, wiercone otwory na powierzchni. Dwa bloki we wschodniej świątyni mają jednak nieregularne linie kropek. Spekuluje się, że może to być prymitywny kalendarz lub prosty system liczenia. Niektórzy sugerują nawet, że kropki zgadzają się z dniami między pojawieniem się niektórych gwiazd, najprawdopodobniej w najjaśniejszej gromadzie na niebie, w Plejadach.
