To długie korytarze z wieloma sekcjami eksponatów, od artefaktów egipskich i rzymskich po obrazy renesansowe i współczesne. Najbardziej godne uwagi są Apartamenty Borgia ze ścianami i sklepieniami, pokrytymi malowidłami, sale ozdobione przez Rafaela i Kaplica Sykstyńska z malowidłami ściennymi Leonarda i Botticellego.
Obok odwiedzanej przez tysiące ludzi Kaplicy Sykstyńskiej w Pałacu Apostolskim w Watykanie znajduje się Sala Regina. Drzwi między dwoma pięknie udekorowanymi pokojami są zamknięte. Sala reprezentacyjna, która pierwotnie służyła do przyjmowania członków rodzin królewskich, nie jest otwarta dla publiczności. Kaplica Sykstyńska zawiera sceny biblijne, natomiast Sala Regina ozdobiona jest freskami przedstawiającymi punkty zwrotne w historii Kościoła katolickiego. W 1572 roku, zaraz po tym, jak do Rzymu dotarła wieść o masakrze w dniu św. Bartłomieja, papież Grzegorz XIII był tak zadowolony, że zlecił Giorgio Vasariemu namalowanie trzech fresków dokumentujących to wydarzenie. Trzy panele w Sala Regina gloryfikują rzeź hugenotów w Paryżu, gdzie zamordowano 3000 francuskich protestantów, bez względu na płeć czy wiek. W ciągu jednej nocy w Paryżu chrześcijanie zabili, jak obliczają historycy taką samą liczbę chrześcijan, jak pogańscy Rzymianie podczas prześladowań chrześcijan, które trwało trzy stulecia.
Imponujące schody spiralne zaprojektowane przez Giuseppe Momo w 1932 roku to chyba najbardziej znane schody na świecie. Tradycyjne spiralne schody mają niewiele wspólnego z tymi w Muzeach Watykańskich. Schody Bramante zawierają dwa niezależne trakty schodowe tworzące podwójną spiralę. Posiadanie dwóch traktów schodowych pozwala ludziom wspinać się bez spotykania osób schodzących w dół w tym samym czasie.
