Po nocy spędzonej na pustyni, wróciliśmy ponownie do Loreto. Było to najładniejsze ze wszystkich miast, które odwiedziliśmy do tej pory na Baja i była tam kolejna misja, którą pragnęliśmy zobaczyć. Misión de Nuestra Seńora de Loreto Conchó założona w 1697 roku jest największym osiągnięciem jezuitów w tej części Meksyku. Tak naprawdę, jest to najstarsza misja wśród stojących do dzisiaj. Założona wcześniej, w roku 1683, San Bruno była pierwszą misją chrześcijańską w Kalifornii Dolnej, lecz przetrwała ona tylko 12 lat. Dla jezuitów, sukces Loreto stał się podstawą do dalszej ekspansji, stworzenia całego systemu misji na półwyspie.
Dobrze zachowany kościół w Loreto jest bardzo prosty na zewnątrz. Jest to typowy, wybudowany z kamienia kompleks jezuicki. Pochodzi on z 1740 roku i obejmuje ono nie tylko budynek kościoła z barokowym złoconym ołtarzem, ale także zamknięty dziedziniec z warsztatami i pomieszczeniami dla Indian. Konieczny był wtedy cały kompleks misyjny, a to z konieczności zmuszenia Indian do mieszkania i życia wraz z misjonarzami. Tubylcy na Baja należeli do prostych ludów zbieracko-łowieckich i nigdy wcześniej nie żyli w jakichkolwiek osadach.
Naszym następnym przystankiem była łatwo dostępna wieś leżąca w górach Sierra de la Giganta. Założona w tamtej okolicy, w 1699 roku, jezuicka Misión San Francisco Javier de Viggé-Biaundó przetrwała tylko dwa lata. Lokalna ludność Cochimi nie była zbyt przychylna Europejczykom i zmusiła ich do zaprzestania ewangelizacji. Kilka lat później, nowa misja przeniesiona została w inne miejsce ze znacznie lepszymi zasobami wodnymi, dzisiejszej wioski San Javier. Do roku 1758, jezuici wznieśli tam najpiękniejszy ze wszystkich kościołów misyjnych w Kalifornii Dolnej. Jest to lokalizacja z wysokimi szczytami w tle, a sam kościół wybudowany został w niepowtarzalnym stylu. Wszystko to sprawia, że misja ta mocno wyróżnia się wśród innych tego rejonu Meksyku.